É uma abertura na região do lábio e/ou palato, ocasionada pelo não fechamento destas estruturas, que ocorre entre a 4ª e a 12ª semana de vida intrauterina. Na gestação, durante a formação do lábio, várias partes da face devem crescer e se juntar na ordem certa, como em um quebra-cabeças.
Quando as peças que mal formaram o lábio não se juntam, ocorre a fissura.
A fissura pode ter causa genética e pode estar associada ou não a outras anomalias. Pode estar relacionada ainda a fatores ambientais como obesidade e deficiencia de anomalias na mãe, ou ao uso de determinados medicamentos, cigarro e alcool no inicio da gestação.